Odwrotne obciążenie VAT polega na tym, że to nabywca, a nie sprzedawca rozlicza podatek VAT. Można to zastosować jednak wyłącznie wtedy, kiedy dostawca jest czynnym podatnikiem VAT, odbiorca jest podatnikiem czynnym lub zwolnionym z VAT, a towar sprzedawany nie jest towarem używanym, który podlega zwolnieniu od podatku VAT.

Nowelizacja przepisów z października 2013 roku poszerzyła katalog towarów, wobec których można zastosować mechanizm odwrotnego obciążenia podatkiem VAT. Obecnie obejmuje on 41 pozycji, a towary dodane to między innymi towary z grupy złomu, wybranych odpadów, a także spora grupa wyrobów stalowych.

Transakcji dokonywanych z zastosowaniem odwrotnego obciążenia dokonuje się poprzez wystawianie faktur bez wskazanej stawki podatku VAT. Ponadto na dokumencie powinna znaleźć się adnotacja, w której zostanie określone, że jest to transakcja objęta odwrotnym obciążeniem, w której to nabywca towarów jest zobowiązany do naliczenia podatku VAT. Podstawę do opodatkowania stanowi kwota, którą dokonujący zakupów otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży.

Możliwość oznaczenia kontrahentów oraz grup towarów, które mogą być rozliczane z użyciem odwrotnego obciążenia optymalizuje pracę i pozwala na uniknięcie błędów księgowych. Programy księgowe umożliwiają po uprzedniej weryfikacji wygenerowanie dokumentu z adnotacją „odwrotne obciążenie”, wraz z informacją, że do naliczenia podatku VAT zobowiązany jest nabywca.

Do roku 2013 dokumentem opcjonalnym jaki podatnik mógł wystawić z tytułu transakcji objętym odwrotnym obciążeniem podatku VAT była faktura wewnętrzna, która jednak wraz z nadejściem roku 2014 zniknęła z obowiązujących przepisów, ale nie została ona zastąpiona żadnym innym dokumentem. Oznacza to całkowitą dowolność w stosowaniu dokumentów wewnętrznych. Podatnikowi nie jest narzucony obowiązek ich stosowania, a wysokość podatku może obliczyć i zapisać na fakturze otrzymanej od dostawcy, by następnie ująć go bezpośrednio w rejestrach VAT.

Czynni podatnicy VAT mają możliwość odliczenia naliczonego podatku VAT, jeśli towary, które nabyli będą wykorzystywane do celów podlegających opodatkowaniu. Odliczenia można dokonać w okresie, w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy. Jednocześnie podatnik ma obowiązek uwzględnienia kwoty podatku należnego z tytułu transakcji przeprowadzonej z zastosowaniem mechanizmu odwrotnego obciążenia w deklaracji podatkowej, w której zobowiązany jest on ten podatek rozliczyć.

Sytuacja wygląda inaczej, w przypadku przedsiębiorców korzystających ze zwolnienia, którym nie przysługuje prawo do odliczenia podatku. Powinni oni sporządzić deklarację VAT-9M, a wysokość podatku należnego odprowadzić do urzędu skarbowego. Odprowadzony podatek będzie kosztem prowadzonej działalności w dacie jego zapłaty.